望石智慧共享RNA聚合酶核苷类抑制剂结构化数据

 

 

2020-02-05

自2月5日起,望石智慧向科研人员共享已公开专利中部分涵盖的RNA聚合酶核苷类抑制剂的可编辑结构化数据。

 

针对新型冠状病毒(2019-nCoV),国家药品监督管理(NMPA)局日前加急批准了多款临床试验药物,其中Remdesivir(GS-5734)由于其作用靶点RNA聚合酶(RDRP)在抗病毒方面的广谱性、前期研究中针对SARS、MERS和埃博拉病毒的良好药效,以及国外临床试验已完成其对于人体毒性的验证与剂量的探索,被寄予希望较多[1-3]。2019-nCoV nsp 12 (Gene Bank code: YP_009725307.1) 与SARS-CoV nsp 12 (PDB code: 6NUR_A, Kirchdoerfer et al., 2019)的一级序列比对通过Blast完成 [4],二者序列identity达96%,这一点从科学的逻辑层面可以在一定程度上解释此次针对新冠病毒的老药新用的策略选择RDRP靶点药物成功的可能性较大。

 

然而,从创新靶向药物开发的科学严谨性与流程规范性和复杂性上考量,2019-nCoV并非完全等同于SARS、MERS及埃博拉病毒在内的任何一个病毒。尽管我们非常期望GS-5734能够在短时间内成为抗击新冠病毒的特效武器,但是从成药性上考量或许还有更“完美”的(类)核苷分子可以被用于抑制2019-nCoV病毒。回顾过去几十年,人类已合成了大量用于作为各种病毒的RDRP抑制剂的(类)核苷类小分子,且部分分子的药效与毒性在很多实验室被研究。这些包含GS-5734在内的分子结构具有相似性,因此也最有可能成为发现更“完美”分子的潜在高价值化合物库。

 

靶向2019-nCoV,这些分子值得被更深入更广泛的研究,因此我们用“RNA polymerase inhibitor ”和 “nucleoside”为关键词搜索得到了新化合物相关专利五十余篇(包含Gilead开发GS-5734相关专利),并利用望石智慧基于AI技术的知识图谱平台结合人工标注对其中的实施例化合物进行了提取和结构化处理,共获得超过1400个化合物,在此分享给大家,以帮助更广大的科研人员,尤其是计算化学与计算生物学专家能快速便捷地使用到这些数据。

 

下一步,望石智慧还将根据这些数据进一步利用计算化学和计算生物学相关技术开展研究,以提供更多有价值参考。

 

特别感谢北京大学刘振明博士为本项目提供支持与帮助,同时感谢所有参与此次项目的团队成员们。

 

感谢您的关注,也期待您的宝贵意见。如有相关建议及合作需求,请发送邮件至bd@stonewise.cn,我们将第一时间与您取得联系。

 

(注:此次提供的结构化数据来源为关键词检索所得的专利中所涵盖的实施例化合物,可能存在覆盖不全,错误纰漏也在所难免,仅作为科研参考。)

 

 

参考资料

 

 

【1】Sheahan, T.P., Sims, A.C., Leist, S.R. et al. Comparative therapeutic efficacy of remdesivir and combination lopinavir, ritonavir, and interferon beta against MERS-CoV. Nat Commun 11, 222 (2020).

【2】Tchesnokov, E.P.; Feng, J.Y.; Porter, D.P.; Götte, M. Mechanism of Inhibition of Ebola Virus RNA-Dependent RNA Polymerase by Remdesivir. Viruses 2019, 11, 326.

【3】Wang, M., Cao, R., Zhang, L. et al. Remdesivir and chloroquine effectively inhibit the recently emerged novel coronavirus (2019-nCoV) in vitro. Cell Res (2020). 

【4】https://blast.ncbi.nlm.nih.gov

 

最新动态

下载数据